Anteriormente e até 1996, os Estudantes da Universidade do Algarve eram representados por um conjunto de seis associações de estudantes:
Reconhecendo as vantagens de uma união de todas estas Associações, com vista a um maior reconhecimento e voz no meio associativo estudantil nacional, vários esforços foram feitos para reunir as A.E.’s em torno desta temática.
Após muitas reuniões, alguns alunos que faziam parte da Comissão de Estatutos, sem o apoio de todas as A.E.’s inicialmente envolvidas, avançaram com os trabalhos da Comissão de Organigrama e Estatutos, com o apoio directo do Reitor Prof. Doutor Alte da Veiga, na pessoa do Dr. Carlos Martins, da AE UCEH e da AE UAlg.
Depois de desenhado o organigrama, que tinha reunido a aprovação das A.E.’s, passaram à elaboração e redacção dos artigos, no período compreendido entre Novembro de 1996 a Maio de 1997. A 9 de Maio de 1997 reúne a Assembleia-Geral Constituinte da A.A., que foi desmultiplicada em várias sessões para debater o projecto de estatutos, com 101 artigos.
A 3 de Junho de 1997, na sua nona sessão, depois de concluídos os trabalhos de aprovação dos estatutos, foi votada e eleita a comissão instaladora da A.A., sendo constituída pelos alunos, Augusto Costa (UCEH), Jorge Lamy Leal (ESGHT), José Maria Mascarenhas (UCTA), Luís Sousa (ESE), Rita Barata (EST) e Renato Pereira (UCEE).
A Associação Académica da Universidade do Algarve teve o seu início com a publicação dos Estatutos em Diário da República no dia 1 de Outubro de 1997.
O processo eleitoral que culminou na eleição da primeira Direcção-Geral e restantes órgãos, realizou-se em Dezembro de 1997. A primeira Direcção-Geral, liderada pelo estudante Augusto Costa, tomou posse em Janeiro de 1998.
Desde então, a Associação Académica da Universidade do Algarve tem vindo a aumentar de ano para ano a sua estrutura, os seus espaços e os seus serviços, de forma a disponibilizar aos estudantes, bem como a toda a comunidade académica, as melhores condições possíveis de estudo e de trabalho.
Também a sua influência e notoriedade têm vindo a crescer, tanto na Região do Algarve como a nível nacional, fruto do trabalho das várias direcções gerais que têm conduzido a AAUAlg, e de uma participação cada vez mais activa no movimento associativo nacional.