A Direcção-Geral é o órgão máximo executivo da AAUAlg, assegurando a sua gestão corrente.
A Direcção-Geral da AAUAlg é composta por 17 a 25 sócios efectivos (em número necessariamente ímpar) eleitos anualmente:
Um presidente, um vice-presidente por cada unidade orgânica, um tesoureiro, um secretário-geral, um secretário-geral adjunto, sendo os restantes elementos vogais. De entre os membros da Direcção-Geral é designado um porta-voz para cada um dos subsistemas de ensino no que respeita às questões sócio-profissionais.
A DG está organizada internamente por pelouros, conseguindo representar e defender melhor os interesses dos estudantes. Estes pelouros, cada um liderado por um dos elementos da DG, realizam actividades e acções focadas nas suas áreas de intervenção, nomeadamente – pedagogia e política educativa; acção social; tradição; informação e intervenção; desporto; e cultura e eventos.
Para além disso, a Direcção-Geral, entre outras competências, tem o dever de cumprir e fazer cumprir os estatutos da AAUAlg; executar as decisões da Assembleia Magna; elaborar o plano de actividades e o orçamento e o relatório de actividades e contas.