Os pelouros são uma forma de divisão interna de todos os membros da Direcção Geral.
Cada pelouro tem uma área de acção e especificidade, onde se procura resolver problemas, implementar projectos inovadores, tal como estabelecer contacto, sobretudo com a comunidade académica, fornecendo as melhores condições e oportunidades. Todos os pelouros articulam-se no alcance dos objectivos em comum.
No mandato de 2013, os pelouros definidos são os seguintes: